第一步：生成密钥对 (在终端执行)#

打开终端，输入以下命令（把邮箱换成注册 GitHub 的邮箱，或者随便填一个都行，只是个标签）：

Bash

# 注意：-f 参数指定了新文件的名字
# ed25519是加密方式，目前主流
ssh-keygen -t ed25519 -C "github@AbysSses" -f ~/.ssh/id_ed25519_AbysSses_github

1. 按回车：当它提示 Enter file in which to save the key 时，直接按回车（默认存在 ~/.ssh/id_ed25519）。

2. 按回车：当它提示 Enter passphrase 时，直接按回车（设置为空密码，这样以后推送就不用输密码了）。

3. 按回车：再次确认密码。

第二步：把“公钥”告诉 GitHub#

你需要把刚才生成的公钥（也就是锁的“副本”）上传到 GitHub。

1. 复制公钥内容： 在终端运行这行命令，它会自动把公钥内容复制到你的剪贴板：

   Bash

   pbcopy < ~/.ssh/id_ed25519_AbysSses_github.pub

2. 在 GitHub 上添加：

   • 打开 GitHub 网页。

   • 点击右上角头像 -> Settings。

   • 在左侧边栏找到 SSH and GPG keys。

   • 点击绿色的 New SSH key 按钮。

   • Title: 随便填（比如 “MacBook Pro”）。

   • Key: 在大框里按下 Command + V 粘贴刚才复制的内容。

#rnaseq #linux

下载原始数据#

sra-tools#

sra-tools 包含了 fastq-dump 工具，可以用来从 SRA（Sequence Read Archive）数据库中下载测序数据并将其转换为 FASTQ 格式。使用 fastq-dump 工具，并指定以下参数：

fastq -dump --split 3 SRA2176358

• -dump: 表示执行下载和转换操作。
• --split 3: 表示将双端测序数据分割成两个文件，每个文件包含原始测序数据的一半。这个参数的值为 3，表示每个原始测序数据的一半被分割成一个独立的文件。
• SRA2176358: 是你要下载和转换的 SRA 数据库中的样本标识号。

因此，这个命令的作用是下载 SRA 数据库中的样本 SRA2176358 的测序数据，并将其转换为两个 FASTQ 文件，每个文件包含一半的原始测序数据。

ascp#

下载aspera软件 conda可以下载 也可以去官网下载压缩包手动安装

然后找SRA号去这个网站生成下载脚本(https://sra-explorer.info/) 生成的脚本长这样

ascp  -vQT -l 500m -P33001 -k 1 -i \
~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh \
era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR122/079/SRR12207279/SRR12207279_1.fastq.gz  ./

######### 主要使用参数
-v 详细模式
-Q 用于自适应流量控制，磁盘限制所需
-T 设置为无需加密传输
-l 最大下载速度，一般设为500m
-P TCP 端口，一般为33001
-k 断点续传，通常设为 1
-i 免密下载的密钥文件

PY#

1. 激活你的环境#

conda activate ov

2. 安装 ipykernel#

conda install ipykernel

3. 将环境添加到 Jupyter#

python -m ipykernel install –user –name=ov –display-name “Python (ov)” python -m ipykernel install –user –name ov

R#

将一个新的 R 环境添加为 Jupyter (Notebook 或 Lab) 的内核。

假设新 R 环境名称为 your_r_env_name

1. 激活你的 Conda R 环境：

   打开终端或 Anaconda Prompt，运行：

   Bash

   conda activate your_r_env_name

2. 在激活的环境中安装 r-irkernel 包：

   这个 R 包是让 Jupyter 能够识别和连接到 R 环境的关键。

   conda install -c conda-forge r-irkernel
   # 或者
   # mamba install -c conda-forge r-irkernel -y

   请确保是在已激活的 your_r_env_name 环境下执行此命令。

推送本地项目到远程仓库（如 GitHub、GitLab 或 Gitee）通常分为四个主要步骤。

以下是完整的操作指南，包含针对密码验证失败（现在的常见问题）的解决方案。

git status

git remote -v

git add .

git commit -m "卡片样式修改"

git push origin main

第一步：初始化本地仓库#

如果你已经在项目里使用了 Git（即有 .git 文件夹），请跳过此步。 打开终端（Terminal 或 Git Bash），进入你的项目文件夹：

Bash

cd /path/to/your/project  # Windows用户可以直接在文件夹右键选择 "Open Git Bash here"
git init                  # 初始化 git
git add .                 # 添加所有文件到暂存区
git commit -m "Initial commit"  # 提交第一次修改

第二步：关联远程仓库#

你需要先在网页端（如 GitHub）创建一个空仓库（不要勾选“Initialize with README”以免产生冲突）。创建后，复制仓库的 URL（以 .git 结尾）。

回到终端执行：

Bash

# origin 是远程仓库的别名，你可以随便取，但习惯上用 origin
# 将下面的 URL 替换为你自己的仓库地址
git remote add origin https://github.com/YourUsername/YourProject.git

注意： 如果提示 error: remote origin already exists，说明你之前关联过。可以用 git remote remove origin 删除旧的关联，再重新添加。

## 临时修改
export HTTP_PROXY="http://127.0.0.1:7897" ### 这里的端口要看使用的VPN到底用的哪个端口
export HTTPS_PROXY="http://127.0.0.1:7897"

需要完全修改的话把上面命令加入 ~/.zshrc 或 ~/.bash_profile